Verschiedene Organe führen die Geschäfte der Gesellschaft:
Mitgliederversammlung
Die Mitgliederversammlung wird jeweils im Herbst durchgeführt und in der Regel von einem wissenschaftlichen oder kulturellen Rahmenprogramm begleitet.
Ausschuss
Der Ausschuss führt die täglichen Geschäfte der Gesellschaft. Darin vertreten sind die Präsidentin, der Vizepräsident, die Präsidentin der Kommission für die Erforschung des 18. Jahrhunderts und der Aufklärung in der Schweiz bei der SAGW (Akademiekommission) sowie die Sekretärin und der Quästor.
Vorstand
Mitglieder des Vorstandes in alphabetischer Reihenfolge sind:
- Prof. Dr. Simona Boscani Leoni, Université de Lausanne, Vizepräsidentin
- Dr. Lukas Boser, Fachhochschule Nordwestschweiz, Solothurn,
- Prof. Dr. Claire Gantet, Präsidentin
- Prof. em. Dr. André Holenstein, Universität Bern,
- Prof. Dr. Béla Kapossy, Université de Lausanne
- Dr. Timothée Léchot, Université de Neuchâtel
- Dr. Béatrice Lovis, Université de Lausanne
- Dr. Miriam Nicoli, Universität Bern
- Prof. Dr. Adrien Paschoud, Université de Lausanne
- Dr. Bérangère Poulain, Universität Genf, Quästorin
- M.A, Michèle Steiner, Universität Basel, Sekretärin und Webmaster
- Prof. Dr. med. Dr. phil. Hubert Steinke, Universität Bern
- Prof. Dr. Danièle Tosato-Rigo, Université de Lausanne, Mitglied des Vorstands der ISECS und Präsidentin der Akademiekommission (SAGW)
- Prof. Dr. Nadir Weber, Universität Bern
- Prof. Dr. Andreas Würgler, Université de Genève
Die Zuständigkeiten der verschiedenen Organe sind in den Statuten näher geregelt.